Nhà sử học David C. Lindberg chỉ trích cách sử dụng đại chúng của từ "Thời kỳ Tăm tối" mô tả toàn bộ Thời kỳ Trung cổ là "thời kỳ của sự ngu dốt, man rợ và mê tín", theo đó "thường đổ lỗi cho Giáo hội Kitô giáo, bị vu cáo là đã đặt quyền lực tôn giáo trên những trải nghiệm cá nhân và các hoạt động lý hữu lý". Sử gia về khoa học Edward Grant viết rằng "Nếu các tư tưởng lý tính cách mạng được biểu hiện [trong thế kỷ 18], chúng chỉ được khả thi bởi vì truyền thống lâu dài từ Trung Cổ đã thiết lập việc sử dụng lý trí như một trong những hoạt động quan trọng nhất của con người". Chưa kể, Lindberg còn nói rằng, trái với các quan niệm thông thường, "các học giả hậu kỳ Trung Cổ hiếm khi phải trải qua sức mạnh cưỡng bức của giáo hội và sẽ tự xem mình là tự do (đặc biệt trong các ngành khoa học tự nhiên) đi theo lý trí và quan sát bất cứ nơi nào chúng dẫn tới". Do sự sụp đổ của Đế chế Tây La Mã do Giai đoạn Di cư, rất nhiều các tài liệu Hy Lạp cổ đại đã bị mất, nhưng một phần các tài liệu này vẫn sót lại và đã được nghiên cứu rộng rãi bởi Đế chế Byzantine và Nhà Abbas. Khoảng thế kỷ 11 và 12 trong Trung kỳ Trung cổ, nhiều nền quân chủ quyền lực hơn đã trỗi dậy; các biên giới đã được phục hồi sau cuộc xâm lăng của người Viking và Magyar; sự phát triển công nghệ và cải tiến nông nghiệp đã được thực hiện nhằm tăng nguồn thực phẩm và dân số. Và sự hiện đại hóa khoa học và kiến thức ở phía Đông hầu như là do có các bản dịch tiếng Latinh mới của Aristotle.

Sự khắc họa sai lệch về thời kỳ này cũng được phản ánh trong một số ý niệm cụ thể hơn, ví dụ như một quan niệm sai lầm, bắt đầu từ thế kỉ 19 và vẫn còn rất phổ biến, cho là mọi người trong thời Trung Cổ đều nghĩ rằng Trái Đất phẳng. Trên thực tế, các giảng viên trong các đại học Trung Cổ thông thường lập luận rằng bằng chứng cho thấy Trái Đất là một quả cầu. Lindberg và Ronald Numbers, một học giả khác về thời kỳ này, khẳng định rằng "hiếm có một học giả Ki-tô giáo nào thời Trung Cổ lại không nhận thức được tính chất cầu [của Trái Đất] và họ thậm chí còn biết chu vi xấp xỉ của nó". Một số lầm tưởng khác như "Giáo hội cấm đoán giải phẫu tử thi và phẫu thuật thời Trung Cổ", "sự trỗi dậy của Ki-tô giáo giết chết khoa học cổ đại", hay "Giáo hội Ki-tô giáo thời Trung Cổ dập tắt sự phát triển của triết học tự nhiên", được Numbers đưa ra làm ví dụ về những huyền thoại phổ biến vẫn lan truyền như những sự thật lịch sử, trong khi chúng không được các nghiên cứu lịch sử hiện nay ủng hộ.